Процесс реализации мероприятий по нацпроектам структурирован по этапам, срокам и ответственным исполнителям, построена система их реализации на принципах проектного подхода, определены объёмы и источники финансирования, важнейшим из которых являются средства федерального бюджета. Общий объём ассигнований на реализацию нацпроектов на ближайшие 3 года составит 5,6 триллиона рублей. Однако Правительство РФ выходит с инициативой сокращения финансирования по нацпроектам на 1 триллион рублей.
В подготовленном учёными РАНХиГС при Президенте РФ заключении на проект Федерального закона «О федеральном бюджете на 2019 год и плановый период 2020 и 2021 годов» проанализирована обоснованность корректировки бюджета в контексте их направленности на достижение национальных целей развития.
Проведённый анализ показал, что, несмотря на снижение доли планируемых расходов федерального бюджета в ВВП страны с 17% в 2019 г. до 16,9% ВВП в 2021 г., совокупная доля запланированных бюджетных расходов на нацпроекты и модернизацию магистральной инфраструктуры увеличится с 1,59% ВВП в 2019 г. до 1,68% в 2020 г. и 1,76% - в 2021 г.
Доля федеральных бюджетных ассигнований направляемых на финансирование национальных проектов в 2019-2021 гг. составляет в среднем 9,8% в расходах федерального бюджета.
Руководитель Счётной палаты РФ Алексей Кудрин отмечает, что при корректировке бюджета РФ в сторону уменьшения финансирования нацпроектов в ближайшие три года, запуск целого ряда проектов замедлится или будет перенесён на более поздние сроки.
Выходом из подобной ситуации, по мнению доцента Среднерусского института управления - филиала РАНХиГС Владимира Тишаева, может стать либо структурное перераспределение планируемых расходов федерального бюджета на предстоящую трёхлетку на 1 триллион рублей в пользу национальных проектов (что крайне маловероятно в условиях нашего бюджетного процесса), либо принятие действенных мер по увеличению бюджетных доходов на основе запуска механизмов ускорения экономического роста. И прежде всего, через наращивание инвестиционной активности в отечественной экономике. Инструментами увеличения инвестиций должны стать формирование условий для реальной репатриации выведенного из России в предшествующие годы частного капитала (в том числе, запуск функционирования внутренних офшорных зон для возвращаемых финансовых средств); значительное расширение бюджетных источников инвестиционного финансирования как на основе доказавших свою эффективность инструментов государственно-частного партнёрства (например, Российский фонд прямых инвестиций, Фонд развития промышленности), так и новых (например, впервые предусмотренный в структуре планируемого трёхлетнего федерального бюджета Фонда развития).