Идеи учреждения праздника в университетских кругах США стали набирать популярность в 1990-х годах, но впервые День Дарвина праздновался в 2001-м году. Два активиста Аманда Чесворт и Роберт Стивенс зарегистрировали некоммерческую организацию «Программа Дня Дарвина». В дальнейшем был создан Фонд Международного Дня Дарвина, содействующий распространению идей дарвинизма, образовательных материалов и осуществляющий координацию организационных процессов по проведению праздника и мероприятий, связанных с этой датой.
Первоначально идея проведения праздника была поддержана в научных кругах, как день направленный не только на чествование открытий Чарльза Дарвина, но и на распространение науки. Поэтому, праздник имеет так же и второе название «Международный день науки и гуманизма». Связь ценности человека и научных открытий очевидна, ведь нет одного без другого. Научные открытия призваны служить человеку, делать его мудрее.
В научных кругах России так же отмечается праздник имеющий статус неофициального праздника. Празднование, как правило, проходит в учебных и научных заведениях, где студенты и преподаватели своими силами организуют выставки, конференции, лекции и семинары. Часто к участию привлекаются представители фондов, общественные деятели, журналисты.
По мнению эксперта кафедры Среднерусского института управления - филиала РАНХиГС Маргариты Левочкиной, сначала праздник носил спонтанный характер, когда в учебных и научных заведениях проводились мероприятия в память об ученом и его открытиях. При всем том, что теория эволюции Чарльза Дарвина в последние годы подвергается критике, география празднования расширяется. Праздник действительно стал международным.