Функции вновь учрежденного ведомства были многосторонними и обширными, а сам он одновременно относился к двум уровням управления: общенациональному и местному. Действительно, согласно официально утвержденным документам, Главный магистрат являлся одной из коллегий - предшественников современных министерств. Они представляли собой центральные учреждения государственного управления европейского образца, заменившие прежде существовавшие «приказы». Одновременно Главный магистрат занимался вопросами местного значения в имперской столице - то есть в недавно возведенном Санкт-Петербурге. В сфере компетенции Главного магистрата находилось управления делами городского населения, занятого ремеслом, коммерцией и торговлей. Реформа 1720 года была одной из первых попыток внедрить в нашей стране передовой на то время опыт организации муниципального управления.
Как полагает эксперт Среднерусского института управления - филиала РАНХиГС, доктор политических наук Дмитрий Цыбаков, учреждение Главного магистрата в российской столице явилось весьма важным и своевременным начинанием. Дело в том, что муниципальные чиновники, избранные торгово-ремесленным населением столицы, получали возможность руководить развитием городского самоуправления в масштабах всего государства. Аналогичные городские магистраты были вскоре созданы во всех крупных российских городах, за исключением отдаленных регионов Сибири. Тем самым передавался накопленный опыт решения вопросов местного значения, и координировалась работа городских сословных сообществ – купеческих гильдий, ремесленных цехов и посадских сотен.
Особенностью реформы было совмещение главами городских магистратов должностей и на государственной и на муниципальной службе. Они избирались своими согражданами тайным голосованием по сословным группам, а затем получали государственные чины, согласно учрежденному Петром I «Табелю о рангах». Главный магистрат подчинялся непосредственно царю и Правительствующему Сенату, и возглавлялся обер-президентом из представителя дворянского сословия, которого лично назначал самодержец. Ключевую роль в его работе играло магистратское правление, которое формировалось из бургомистров и делегатов из числа основных купеческих корпораций. По мнению эксперта, несмотря на то, что органы самоуправления того периода не охватывали своими полномочиями всего городского населения, их появление означало дальнейшее продвижение России по пути создания государственно-общественных институтов, играющих роль связующего звена между народом и властью.