Ученик Иисуса Христа Андрей Первозванный по церковному преданию занимался распространением христианства на территории будущей Руси и считался ее заступником. Он был распят на косом кресте (Андреевский крест) в Греции около 70 года н. э., что определило дизайн наградных знаков.
По различным источникам, он учрежден императором Петром I в 1698 году «в воздаяние и награждение одним за верность, храбрость и разные нам и отечеству оказанные заслуги». Предполагается, что Пётр I, только что вернувшийся из Великого посольства, захотел иметь в своей державе орден наподобие тех, о которых он узнал в Англии.
Орден стал высшей наградой Российской державы для крупных чинов. В царствование Петра I орденом были награждены всего 38 человек, 12 из которых были иностранцами. Сам Петр I получил эту награду только в 1703 году (номер 7) как капитан бомбардирской роты за участие в бою, в результате которого в устье Невы были захвачены два шведских боевых корабля. Вместе с ним такой же награды был удостоен Александр Меньшиков, бомбардирский поручик.
Первым кавалером ордена стал генерал-адмирал, дипломат Фёдор Алексеевич Головин, получивший награду (10) 20 марта 1699 года.
Этот орден никогда не имел степеней и классов, но по статуту 1797 года за особые заслуги мог вручаться с бриллиантами. При этом ордена, украшенные ранее самовольно драгоценными камнями, носить было запрещено.
Девиз ордена - «За веру и верность». Орденский знак имеет вид андреевского креста. Покрыт он был синей эмалью с изображением самого святого. На концах креста латинские буквы SAPR (Sanctus Andreas Patronus Russiae - Святой Андрей Покровитель России).
Внешний вид знака при Петре I менялся. Орденская звезда имела восемь лучей. В ее центральном медальоне изначально помещалось также изображение креста и святого, но с 1800 года крест без фигуры святого был помещен на фоне двуглавого орла.
После 1855 года были внесены различия между знаками ордена, врученными за боевые и гражданские заслуги - к первым стали добавляться мечи. В особо торжественных случаях к ордену полагалась нагрудная цепь. Но обычно он носился на правом плече на голубой шелковой ленте. Звезда носилась на левой стороне груди.
Всего до 1917 года награду получили более 1 тыс. человек, из них около половины были иностранными подданными.
Орден Святого апостола Андрея Первозванного является и высшим орденом Российской Федерации. Он был восстановлен на основании указа Президента Российской Федерации от 1 июля 1998 года №757 «О восстановлении ордена Святого апостола Андрея Первозванного». Согласно статуту, им могут награждаться выдающиеся государственные и общественные деятели и другие граждане Российской Федерации за «исключительные заслуги, способствующие процветанию, величию и славе России», а также главы и руководители правительств зарубежных стран за «выдающиеся заслуги перед Российской Федерацией».
В 1998 году первыми кавалерами восстановленного ордена стали академик Дмитрий Лихачев, конструктор оружия Михаил Калашников, президент Республики Казахстан Нурсултан Назарбаев и писатель Александр Солженицын (отказавшийся от награды). Всего кавалерами ордена в современной России стали 22 человека.
По мнению эксперта Среднерусского института управления - филиала РАНХиГС Анатолия Елисеева, награждение орденами представляет собой достаточно эффективный инструмент проведения государственной политики. Награждение Орденом Святого апостола Андрея Первозванного является признанием особых заслуг кавалера перед российским государством.